(转载)2015全国肿瘤诊断与治疗高通量测序室间评估报告出炉


原载:转化医学网

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来源:卫生部临床检验中心

随着个体化医学的发展和“精准医学”概念的提出,肿瘤诊断与治疗发展迅速,临床研究逐渐发现并证实更多相关的基因突变。新一代高通量测序因其在通量、成本和效率方面的优势,展现了其广阔的应用前景。2015 年初,国家卫生和计划生育委员会批准了 26 家肿瘤诊断与治疗高通量测序技术应用试点单位,表明了我国开始规范化的肿瘤高通量测序检测。

为了解全国肿瘤诊断与治疗高通量测序检测情况,更好地开展肿瘤诊断与治疗高通量测序检测室间质量评价,卫生部临床检验中心于 2015 年 10 月开展该项目的全国室间质量评价活动,并要求各临床实验室使用日常所用试剂和程序进行检测。本次质评具体情况如下:

一、样本情况

本次共发放 10 个质评样本,编号分别为 1501、1502、1503、1504、1505、1506、1507、1508、1509、1510。所有样本均为人基因组 DNA(从细胞中提取),样本量 30µl,浓度 30~50ng/µl。

其中,1501-1508 号样本检测体细胞突变,提供正常基因组 DNA 一份(样本编号为 15NC),15NC 代表临床上来自患者外周血或者正常组织样本中提取的基因组 DNA。具体信息见表 1。

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二、 检测项目和要求

1. 本次质评的检测项目是肿瘤诊断与治疗高通量测序检测(体细胞突变)。

2. 本次室间质量评价调查活动在向每个参加实验室发送检测样品的同时,附有给实验室的活动说明“2015 年全国肿瘤诊断与治疗高通量测序检测室间质量评价调查活动安排及注意事项”、 “2015 年全国肿瘤诊断与治疗高通量测序检测室间质量评价调查活动结果回报表”。

三、实验室回报结果情况

共计有 88 家实验室回报质评结果,共计收到结果 88 份,其中有效结果 72份(即回报结果完整、在截止日期内回报的结果)。 本次质评中所有实验室使用的试剂,均为实验室自建方法(laboratory developed test,LDT)。

四、评价原则

“肿瘤诊断与治疗高通量测序检测(体细胞突变)”室间质量评价的评价原则如下:

1. 假阴性结果:在检测范围、检测限以上的基因突变均要求正确报告,未报告即为假阴性结果。一个假阴性结果,扣除 10 分。

2. 假阳性结果:预期结果(表 1)以外的基因突变结果报告,均为假阳性结果。一个假阳性结果,扣除 5 分。

3. 错误结果的报告:实验室报告了预期结果内的基因突变,但突变位点错误,错误位点<10 个碱基,扣除 2 分;>10 个碱基,扣除 5 分。

4. PT 成绩计算:所有错误结果累计扣分,满分 100 分。 如检测 20 个以上基因(含 20 个),得分大于等于 80 分则为合格;PT 成绩小于 80 分为不合格。

如检测 20 个以下基因,得分大于等于 90 分则为合格;PT 成绩小于 90 分为不合格。

PT 成绩合格的实验室,融合基因需全部检测正确,融合基因检测成绩方为合格;否则仅点突变、短片段缺失和插入检测成绩合格。

五、 PT 成绩情况

PT 成绩合格的实验室,发放质评合格证书,合格证书中注明实验室的检测基因及类型,且需与合格证书同时使用。

PT 成绩不合格的实验室,发放质评参加证书; 如实验室回报结果不完整、或未在截止日期内回报结果,按照未参加本次质评对待。

本次质评中,实验室 PT 成绩情况见表 2-1 和 2-2。

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六、 对本次质评调查活动的说明

本次质评中,参加实验室检测的基因数从 4~377 个不等。尽管实验室检测的panel 各不相同,但本次质评评价的是实验室采用高通量测序方法检测体细胞突变的能力,因此适用于所有参评实验室。

本次质评实验室合格率仅为 51.2%(37/72),100%正确的实验室仅占总实验室数的 16.7%(12/72),见表 3。22.2%(16/72)的实验室 PT 成绩为 0 分,检测结果极其混乱。总的来说,出现的错误主要有以下方面:

1. 所有样本均检出同一种突变:此错误出现在 9.7%实验室中(7/72),例如ALK、FGFR3、TP53、EGFR 等基因突变出现在所有样本中,且有的突变频率高于 50%。

2. 基因突变位点报告错误:非常普遍。突变位点与预期结果的位置相差 1个碱基到 300 碱基不等,同时突变的碱基序列,插入的碱基序列等均有错误。

3. 融合基因检测错误:融合基因漏检、报告错误的融合外显子。

4. 样本标签识别错误:突变结果报告正确,但该突变结果未出现在预期样本中,而是出现在另一样本中。即 A 样本中的突变结果报告在 B 样本中,且多个突变均有此类错误,但有些突变报告正确,说明实验室并未在检测时搞错样本编号。

5. 假阴性结果:对基因突变的漏检,特别是部分实验室对如 KRAS:c. 34G>C(p.Gly12Arg) (频率>10%)、NRAS:c.35G>A(p.Gly12Asp)(频率>20%)、PIK3CA:c.1624G>A(p.Glu542Lys) (频率>10%)等具有明确临床意义的突变漏检,是非常严重的错误。此外,部分实验室在报告中注明其检测范围是所列出基因的全部突变,但实际上,实验室并不具有这种能力。实验室应当在对检测体系进行性能评价时明确自己的真正检测范围。

从本次质评结果来看,肿瘤诊断与治疗高通量测序检测(体细胞突变)存在很多的问题。检测实验过程、检测的实验原理设计及生物信息学分析均很大程度地影响了最终结果的报告。

实验室应分析本实验室错误的原因,对检测方法进行全面的性能评价,以确认本实验室的检测体系(包括实验过程以及数据分析)是否有能力对检测范围内的突变进行有效的检测,是否能够正确地识别体细胞突变、正确地进行标签识别,确认碱基识别错误和阳性突变、比对正确的突变位置以及实验室是否有必要开展上百个基因的检测,如何避免假阴性和假阳性结果,均是实验室需要思考和改进的方面。

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肿瘤诊断与治疗高通量测序检测(体细胞突变)室间质评证书将于 2016 年1 月 5 日发放。

因年底室间质评工作量较大,肿瘤诊断与治疗高通量测序检测(胚系突变)的室间质评小结以及证书将于 2016 年 4~5 月发放。


通知回顾

继2014年12月15日卫生部临床检验中心发布发布全国产前筛查与诊断实验室室间质评通知以后,2015年4月10日,卫生部临检中心发布《关于开展肿瘤诊断与治疗高通量测序检测(多基因检测)室间质量评价预研的通知》,表示将开展该项目室间质量评价的预研,对全国各相关实验室进行调查。

室间质量评价也称为能力验证实验(以下简称PT),是指多家实验室分析同一标本并由外部独立机构收集、反馈实验室上报结果并评价实验室操作的活动,通过实验室间的比对判定实验室的校准、检测能力以及监控其持续能力。长期以来,PT一直是临床实验室和公共卫生实验室质量保证的一个重要组成部分。

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目前,2015年产前筛查与诊断实验室室间质评已经正式开始检测,卫计委第一批样本已发放,相关文件可登陆卫生部临检中心网站查看下载《2015年全国产前筛查与诊断实验室室间质量评价总结大会课件及通讯录》。而对于此次的肿瘤诊断与治疗高通量测序检测室间质评,根据通知,注意要点如下:

目的:肿瘤诊断与治疗已成为高通量测序临床应用的主要方面之一,室间质评的目的是提高实验室肿瘤诊断与治疗高通量测序检测的质量。

对象:全国所有采用高通量测序检测的实验室,以及采用其他方法日常检测5种或5种以上基因突变的实验室。

样本:人基因组DNA样本。

费用:免费,质评结束后可收到结果反馈、小结行业质评证书。

截止时间:2015年5月25日

意义:肿瘤基因检测离规范应用又近了一步

基因检测技术曾多次被评为全球颠覆性技术,但是其混乱的商业应用也一直为业内所诟病。随着基因检测市场的火爆,市场上出现了各种各样的基因检测机构,其测序检测质量良莠不齐。有的是测序不准确,有的是认定的变异基因与特定的疾病没有关系,有的是基因与特定疾病有关系但却没有辨别出来,这些都会造成误诊误治。因此,对于基因测序的临床应用,需要进行统一规范和严格管理,否则对患者会带来很大的伤害。

除了无创产前检测,肿瘤诊断与治疗已成为高通量测序临床应用的主要方面。并且,相比于无创产前检测,肿瘤作为人类寿命的头号威胁,其发病率和消费刚需远远超于产前检测市场,因此,肿瘤检测成为测序领域当之无愧的下一块大蛋糕,国内多家基因公司已开始进入,纷纷布局,不过现阶段只有少数公司取得“官方入场券”。

2015年3月27日,卫计委医政医管局发布了第一批肿瘤诊断与治疗项目高通量基因测序技术临床试点单位名单,北京、上海、湖南、浙江、广东等多家机构入选,其中大部分是医疗机构,第三方实验室仅有华大基因、达安基因、迪安诊断、博奥生物等。这些公司入选试点单位,参加室间质评,将为提高实验室肿瘤诊断与治疗高通量测序检测的质量,更好地规范行业发展起到推动作用。由此,肿瘤基因检测离规范应用又近了一步。

延伸阅读:卫计委对高通量测序实验室的12个基本要求

卫计委对高通量测序实验室有哪些基本要求?卫计委临检中心副主任李金明对此作了解读,以下为10项基本要求:

1. 试点实验室应在国家卫生计生委批准的试点专业范围内开展临床检测工作。

2. 试点实验室需采用高通量测序开展不少于一项的检测项目。

3. 为避免污染所致的假阳性结果,各试点实验室应根据所开展的检测项目进行分区,具体各专业实验室的分区要求由国家卫生计生委临床检验中心负责发布。

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遗传病+肿瘤诊断与治疗实验室分区要求及示例

4. 试点实验室如使用商品化试剂,则应当使用经过国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准的试剂,临床应用前应经过性能验证;如使用自配试剂(LDT),必须建立自配试剂的标准操作程序,并经过性能评价。以上均须保存相应的实验记录。

5. 试点实验室应对相应的检测仪器设备进行日常的维护和定期校准,并保存仪器维护校准记录。

6. 试点实验室应对技术人员制定培训计划,进行相关的在岗持续培训,保存人员培训记录。

7. 试点实验室应建立日常检测的实验记录方式,并保存相应记录。

8.试点实验室应建立规范的检测结果报告与解释模式。

9. 试点实验室 应建立室内质量控制程序,在日常检测中开展室内质量控制,保存室内质控及其失控及定期综合分析的记录,并有质量改进措施。

10. 试点实验室应参加由国家卫生计生委组织的相应项目的室间质量评价或进行有效的实验室室间比对,并保存室间质量评价或实验室室间比对记录,对不合格的结果应进行原因分析,并采取质量改进措施。

11. 试点实验室应制定包括以下内容的标准操作程序(SOP)及相关记录表格:

(1)样本的采集、运送、保存、接收、登记和处理;

(2)知情同意告知;

(3)检测方法和步骤;

(4)试剂和耗材的选择和保存(如为自配试剂,需详细写明试剂的制备过程以及各原料的来源);

(5)试剂性能验证或自配试剂的性能评价和方法确认;

(6)仪器的使用、维护和校准;

(7)人员培训;

(8)结果报告与解释;

(9)实验室数据、相关文件记录与保存;

(10)室内质量控制;

(11)室间质量评价或实验室间比对;

(12)知情同意和保密程序。

12. 其他未尽的事项要求,试点实验室均应参照《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》。

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